ההבדל בין סנגר רצף ו Pyrosequencing | סנגר רצף לעומת Pyrosequencing

ההבדל הראשי - סנגר רצף לעומת Pyrosequencing

רצף DNA חשוב מאוד לניתוח DNA מאז הידע של הסדר נוקליאוטידים הנכון על אזור מסוים DNA חושף מידע חשוב על זה. ישנן שיטות שונות דנ"א רצף. סנגר רצף Pyrosequencing הן שתי שיטות שונות דנ"א רצף בשימוש נרחב ביולוגיה מולקולרית. ההבדל העיקרי בין רצף סנגר ו Pyrosequencing הוא כי

סנגר רצף משתמש dideoxynototides כדי לסיים את הסינתזה של ה- DNA כדי לקרוא את רצף נוקליאוטידים בעוד pyrosequencing מזהה את שחרור pyrophosphate על ידי שילוב של נוקליאוטידים ו synthesizing רצף משלים לקרוא את הסדר המדויק של סדר פעולות. -> ->

תוכן

1. סקירה והפרש מפתח

2. מה זה רצף סאנגר

3. מה זה Pyrosequencing

4. השוואה לצד - סנגר רצף נגד Pyrosequencing

5. סיכום

מה זה רצף סאנגר?

סנגר רצף הוא הדור הראשון דנ"א שיטת רצף שפותח על ידי פרדריק סאנגר ומכללות שלו בשנת 1977. זה ידוע גם בשם

שרשרת סיומת רצף או Dideoxy רצף שכן הוא מבוסס על סיום שרשרת על ידי dideoxynototides (ddNTPs). שיטה זו היתה בשימוש נרחב במשך יותר מ -30 שנה עד הדור החדש רצף (NGS) פותחה. סנגר רצף הטכניקה אפשרה את גילוי בסדר נוקליאוטידים הנכון או את הקובץ המצורף של קטע DNA מסוים. הוא מבוסס על שילוב סלקטיבי של DDNTPs וסיום של סינתזת דנ"א במהלך במבחנה שכפול DNA. היעדרם של 3 קבוצות OH להמשך היווצרות קשר של phosphodiester בין נוקליאוטידים סמוכים היא תכונה ייחודית של ddNTPs. לפיכך, לאחר ddNTP מחובר, התארכות שרשרת מפסיק ומסתיים מנקודה זו. ישנם ארבעה ddNTPs - ddATP, ddCTP, ddGTP ו- ddTTP - המשמשים בסאנגר רצף. נוקליאוטידים אלה עוצרים את תהליך שכפול הדנ"א כאשר הם משולבים בגדילה ההולכת וגדלה של דנ"א, וכתוצאה מכך משתנים אורכי דנ"א קצרים. נימי ג'ל אלקטרופורזה משמש לארגן אלה גדילי DNA קצר על ידי הגדלים שלהם על ג'ל כפי שמוצג בתרשים 01.

איור 1: ג'ל אלקטרופורזה נימי של DNA קצר מסונתז

עבור

במבחנה שכפול של DNA, כמה דרישות צריך להיות מסופק. הם אנזים DNA פולימראז, תבנית ה- DNA, primers oligonucleotide, ו deoxynucleotides (dNTPs). בסנגר רצף, שכפול ה- DNA מבוצעת בארבע מבחנות בדיקה נפרדות יחד עם ארבעה סוגים של ddNTPs בנפרד. Deoxynucleotides אינם מוחלפים לחלוטין על ידי ddNTPs בהתאמה. תערובת של dNTP מסוים (לדוגמה: dATP + ddATP) כלול בצינור משוכפל. ארבעה מוצרי צינור נפרדים מופעלים על ג'ל בארבע בארות נפרדות. ואז על ידי קריאת הג'ל, רצף ניתן לבנות כפי שמוצג באיור 02.

איור 02: סנגר רצף

סנגר רצף היא טכניקה חשובה המסייעת בתחומים רבים של ביולוגיה מולקולרית. פרויקט הגנום האנושי הושלם בהצלחה בעזרת שיטות סנגר מבוססות רצף. סנגר רצף שימושי גם רצף DNA רצף, סרטן ומחקר מחלות גנטיות, ניתוח ביטוי גנים, זיהוי אנושי, זיהוי הפתוגן, רצף חיידקים וכו '

ישנם מספר חסרונות של רצף סנגר:

אורך ה- DNA רצף לא יכול להיות יותר מ 1000 זוגות בסיס

• רק גדיל אחד יכול להיות רצף בכל פעם.
• התהליך הוא זמן רב ויקר.
• לכן, שיטות מתקדמות חדש רצף פותחו עם הזמן כדי להתגבר על בעיות אלה. עם זאת, סנגר רצף הוא עדיין בשימוש בשל תוצאות מדויקות ביותר שלה עד כ 850 שברי אורך זוג בסיס.

מה זה Pyrosequencing?

Pyrosequencing הוא רומן DNA רצף טכניקה המבוססת על "רצף על ידי סינתזה". טכניקה זו מסתמכת על גילוי של שחרור pyrophosphate על שילוב נוקליאוטידים. התהליך מועסק על ידי ארבעה אנזימים שונים: פולימרים DNA, ATP sulfurylase, בלוציפראז ו apyrase ושני מצעים אדנוזין 5 'phosphosulfate (APS) ו luciferin.

התהליך מתחיל עם מחייב פריימר עם תבנית DNA יחיד תקועים ו- DNA פולימראז מתחיל שילוב של נוקלאוטידים משלימים את זה. כאשר נוקליאוטידים להצטרף יחד (פילמור חומצה גרעין), זה משחרר pyrophosphate (שתי קבוצות פוספט קשורות יחד) קבוצות ואנרגיה. כל תוספת נוקליאוטידים משחררת כמות equimolar של pyrophosphate. Pyrophosphate ממיר ATP ידי sulfurylase ATP בנוכחות מצע APS. ATP שנוצר כוננים המרה מתווך בלוציפראז של luciferin כדי oxyluciferin, לייצר אור נראה בסכומים שהם פרופורציונליים לכמות של ATPs. אור מזוהה על ידי מכשיר זיהוי פוטון או על ידי מכפיל ויוצר pyrogram. Apyrase משפיל ATP ולא משולבים dNTPs בתערובת התגובה. תוספת dNTP מתבצעת פעם אחר פעם. מאז תוספת של נוקליאוטיד ידוע על פי שילוב ואיתור של אור, רצף של התבנית ניתן לקבוע.Pyrogram משמש להפקת רצף נוקליאוטידים של הדנ"א מדגם כפי שמוצג בתרשים 03.

Pyrosequencing חשוב מאוד ניתוח פולימורפיזם נוקליאוטידים יחיד רצף של מתיחות קצרות של ה- DNA. דיוק גבוהה, גמישות, קלות של אוטומציה ועיבוד מקבילים הם היתרונות של pyrosequencing על שיטות סנגר רצף.

איור 03: Pyrosequencing

מה ההבדל בין סנגר רצף ו Pyrosequencing?

- דיפר סעיף ביניים לפני טבלה ->

סנגר רצף לעומת Pyrosequencing

סנגר רצף היא שיטת רצף DNA מבוסס על שילוב סלקטיבי של ddNTPs על ידי פולימרז DNA וסיום שרשרת.
Pyrosequencing היא שיטת רצף DNA מבוסס על זיהוי של שחרור pyrophosphate על שילוב של נוקלאוטיד.	שימוש ב- ddNTP
ddNTPs משמשים לסיום שכפול הדנ"א
ddNTPs אינם בשימוש.	אנזימים מעורבים
DNA polymerase משמשים.
ארבעה אנזימים משמשים: פולימראז DNA, ATP sulfurylase, לוציפראז ו Apyrase.	מצעים משומשים
APS ו- Luciferin אינם בשימוש.
אדנוזין 5 'phosphosulfate (APS) ו luciferin משמשים.	מקסימום טמפרטורה
זהו תהליך איטי.
זהו תהליך מהיר.	סיכום - סנגר רצף לעומת Pyrosequencing

סנגר רצף Pyrosequencing הן שתי שיטות רצף DNA המשמשים ביולוגיה מולקולרית. סנגר רצף בונה את הסדר של נוקליאוטידים ברצף על ידי סיום הארכה שרשרת בעוד pyrosequencing בונה את הסדר המדויק של נוקליאוטידים ברצף על ידי שילוב של נוקליאוטידים וזיהוי שחרור של pyrophosphates. לכן, ההבדל העיקרי בין רצף סנגר ו Pyrosequencing הוא סנגר רצף עובד על רצף על ידי סיום שרשרת בעוד pyrosequencing עובד על רצף על ידי סינתזה.

הפניה:

1. פאקרודין, מאד ואבהיג'יט צ'אודהורי. "Pyrosequencing - אלטרנטיבה מסורתית סנגר רצף. "American Journal of ביוכימיה וביוטכנולוגיה. פרסומים מדעיים, 02 מרס 2012. אינטרנט. 28 בפברואר 2017.

2. "סנגר רצף. "סנגר רצף - נושאים ScienceDirect. נ., n. ד. אינטרנט. 28 פברואר 2017

Image באדיבות:

1. "Didesoxy-Methode" מאת כריסטוף גומאנס - ד"ר נורמן מאודר, ד"ר א 'קריסטוף גומאנס (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia

2. "Sanger-DNA-seq" מאת אנזו בשפה הפולנית Wikipedia (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia

3. "Pyrosequencing" על ידי microbiologybytes (CC BY-SA 2. 0) באמצעות Flickr